一九六三年一月五日
《星期六晚邮报》那篇关于古巴危机的内幕报导中说，当坚尼迪总统得到了苏联在古巴装置长程飞弹的情报后，立即召集要员，会商对策。当时参与最高决策的人分为两派，大多数人主张强硬对付，立即派遣飞机，轰炸古巴的飞弹基地，或者事先发出警告，或者根本不予警告。这一派人包括中央情报局局长麦克考恩，财政部长狄龙，前任国务卿艾契逊，参谋总长泰勒，海陆空三军的首长，以及总统的特别助理本迪。另一派人反对用空军轰炸，主张采取海军封锁的办法，这一派人包括国防部长麦克那玛拉，总统的弟弟检察总长罗拔·坚尼迪，杜鲁门时代的国防部长罗威特，前任驻苏大使汤姆生等。至于国务卿鲁斯克，则介于强硬与缓和的两派之间。
轰炸派的首领是艾契逊，封锁派的首领则是罗拔·坚尼迪。这位总统的弟弟竭力反对轰炸，认为那是日本偷袭珍珠港的手段，世界舆论一定对美国不利。同时一旦轰炸，便使赫鲁晓夫没有退让余地，事情太过危险。艾契逊却说，这并不是珍珠港手段，因为坚尼迪事先早已一再提出警告，美国决不容许在古巴装置进攻性的武器。最后国防部长麦克那玛拉的意见为大家所接受，他主张首先加以封锁，如果赫鲁晓夫不肯让步，那么在苏联的长程飞弹装置完竣之前，再加轰炸或侵入古巴不迟。
这个最后的决策是在十月二十日（星期六）晚上决定的，当即展开海上封锁的布置。廿二日（星期一）晚上，坚尼迪发表演说，宣布封锁古巴，封锁自廿四日上午十时开始生效。他同时组织了一个全国安全委员会的执行委员会，一共包括九人，除总统外是鲁斯克、麦克那玛拉、狄龙、罗拔·坚尼迪、泰勒、本迪、麦克考恩，以及总统的智囊索伦生。坚尼迪的演说，大部分是这个索伦生写的。
封锁一加宣布，便是静待苏联方面的反应。美国当局作了进行核子大战的充分准备。这个九人执行委员会日日夜夜在白宫中开会，情绪自是十分的焦急和紧张。他们一致的这样决定：如果苏联会为了古巴而进行核子大战，那么此时不战，再过六个月之后仍旧会战；与其等古巴的长程飞弹基地准备完成再摊牌，不如现在就摊牌。
决策者之中，只有美国驻联合国大使史蒂文逊反对强硬对付苏联。他主张以美国在土耳其、意大利、英国的飞弹基地和古巴基地交换，主张不采军事行动而进行政治谈判。坚尼迪没有接纳他的意见，怕他在联合国中的发言太过软弱，特别派白宫助理舒林格起草史蒂文逊的演说稿，又从德国召回麦克洛埃（美国前任驻德高级专员），来协助在联合国中的对苏谈判。这样一来，史蒂文逊变成没有了实权。